ניתוח חניכיים נחשב לכורח המציאות המיועד לטיפול במצבים אשר
טיפולים שמרניים יותר לא הצליחו לפתור אותם. כמו לכל ניתוח אחר גם לו יש תופעות
לוואי אינן נדירות במיוחד. אולם בניגוד לניתוחים אחרים, אלו של ניתוח החניכיים
נחשבות לקלות להתמודדות, ולכן לרוב הן אינן נכללות במערכת השיקולים, שבה יש
להתחשב, בעת ההחלטה על בחירת דרך טיפול.